Las sospechas sobre un presunto encubrimiento o la intención de disfrazar un crimen como un accidente comenzaron con la primera autopsia, realizada el 4 de diciembre de 2022, que describió el estado del cuerpo de Rojas y concluyó en un traumatismo craneoencefálico y hematoma subdural como causa de muerte. A las 24 horas, se realizó una segunda autopsia que buscó determinar la causa fehaciente de muerte y aportar datos útiles a la investigación.
Sin embargo, los hijos del ex ministro alegan que su padre fue brutalmente golpeado y luego arrojado en el patio de su casa. Según ellos, el cuerpo de Rojas presentaba signos de violencia extrema, como lesiones en el rostro y la base del cráneo, y que la escena fue limpiada antes de la llegada de las autoridades.
La primera autopsia, que habría sido realizada en condiciones no idóneas y sin presencia de los familiares, y la falta de coincidencia entre los resultados de la autopsia y los dichos de los hijos del ex ministro, generaron dudas y sospechas en la sociedad y la política de la provincia de Catamarca.
La investigación está a cargo de la fiscalía de Instrucción interviniente, en este caso, a cargo de Laureano Palacios. La familia de Rojas, que no confía en la justicia provincial, solicitó a la justicia federal que tome el caso. El juez federal Rodolfo Cecenarro decidió correr vista a la fiscalía federal para que analice si debe investigar el caso o no.
El caso ha generado una gran repercusión en la provincia de Catamarca, donde la muerte de Juan Carlos Rojas ha sido objeto de debate y polémica. La familia del ex ministro sostiene que su padre fue víctima de un crimen y exige justicia, mientras que las autoridades judiciales y políticas de la provincia intentan esclarecer los hechos y encontrar la verdad sobre lo ocurrido.
